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二、新三板的由来
三板市场对主板退市公司的接纳，可以看作是证券业协会对三板扩容的一次尝试。证券业协会的初衷，是利用上市公司的公众性带动三板市场的投资热情，从而把三板市场建设成为与主板市场配套的场外交易市场。然而，退市后的公司在落入三板后交易非常清淡，不但没有达到拉动三板市场交易量的目的，反而使得三板被业界称作资本市场的“垃圾桶”。
2006年，我国进入“十一五”时代，科技部发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2010年）》明确将“实施促进创新创业的金融政策”和“加速高新技术产业化”纳入重要政策和措施。紧接着，国务院发布了《关于实施<国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）>若干配套政策的通知》，其中的第十九条明确规定：“推进高新技术企业股份转让工作。启动中关村科技园区未上市高新技术企业进入证券公司代办系统进行股份转让试点工作。在总结试点经验的基础上，逐步允许具备条件的国家高新技术产业开发区内未上市高新技术企业进入代办系统进行股份转让。”
在证券业协会对三板市场的扩容探索和国家政策对高新技术产业的大力支持下，2006年1月，证券业协会发布了《证券公司代办股份转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让试点办法》及相关配套文件，明确将北京市中关村科技园区内具备规定资质的公司纳入代办股份转让系统当中，实现了三板市场的一次扩容。
2006年1月23日，两家中关村科技企业——世纪瑞尔和北京中科软进入代办股份转让系统挂牌交易，成为三板市场首次出现的非公开发行股份的公司，也是2002年以来首次出现的非沪深交易所退市公司。除这两家正式挂牌的公司以外，中关村园区其他高新技术型企业也开始关注三板市场，积极响应。自此，中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让即正式成为三板市场的一部分，为了与原先的三板市场相区分，被业界称为“新三板”。
三、新三板和三板的联系和区别
从前述的介绍不难发现，新三板实际上是从三板市场当中孕育出来的，正是因为新三板在参与主体和交易制度上与三板有着许多本质的不同，又与三板系统有相似之处，才被冠以“新”字招牌以示区分。
新三板与三板的相同点在于：二者都是证券公司代办股份转让的平台，都为非上市股份有限公司提供股份流通服务，得以发展的基础均是代办股份转让系统的搭建，只是在进入系统的主体资格和具体交易制度方面存在着较大差别，这些差别主要体现在以下几个方面：
（一）定位和作用
如前文所述，三板设立的初衷是为解决原“两网”挂牌公司法人股的流通问题，继而在2002年开始成为主板退市公司股份的转让平台，被认为是装载退市企业的“垃圾桶”，缺乏融资功能。进入三板的公司，或是有难于转让的法人股，或是达不到主板上市条件需要重组整顿，投资价值并不显著。随着股权分置改革的推进，法人股的流通问题逐渐得以解决，而退市公司在股权结构稳定或重组后也不具有股份转让的需求，三板的作用日渐式微。
而新三板从开办之初就坚持“为高科技高成长企业提供投融资平台”，试图为中小企业融资难问题提供解决方案。它不仅仅是搭建一个供非上市股份公司实现股份流通的平台，而且是加强挂牌公司信誉度、优化挂牌公司治理结构、促进挂牌公司私募融资的平台。新三板运行的这几年，挂牌公司数量稳步增长，其中不乏久其软件、北陆药业等登陆主板、创业板的优质企业。可以说新三板正在逐渐成为主板、中小板、创业板的基础和前台，成为我国资本市场的重要组成部分。
（二）参与主体
在三板挂牌的公司是公众公司，均经过合法的公开发行程序，需要符合我国关于证券发行的资质规定——原“两网”系统的挂牌公司因为法人股不能上市流通而在代办股份转让系统挂牌转让；退市公司则当然是经过公开发行程序的。相反，新三板的挂牌公司则是非公众公司，无需经过公开发行程序。园区公司申请挂牌，只需要获得北京市政府的高科技企业认证，并在经营资质上符合新三板规则确定的挂牌条件即可。
在投资主体方面二者也存在区别。三板自2002年起就未区分自然人和机构投资者，类似于主板，向所有投资者开放；新三板开办初期与三板一样不限制投资者资格，但是在2009年改革时增加了投资者适当性制度，将非挂牌公司股东的自然人投资主体排除在外。
（三）交易制度
三板的交易制度更接近主板，采用集中竞价的方式进行配对成交。同时，三板还根据股份转让公司的质量实行股份分类转让制度，根据挂牌公司的净资产情况分别实行每周1次、3次和5次的转让方式，涨、跌停板限制为5％。
新三板的交易制度更接近于场外交易市场，实行证券公司的委托报价和配对成交。在新三板系统实现交易的投资者，通常在线下完成价格磋商，然后在新三板系统完成成交确认。另外，新三板交易以三万股为最低额度，并规定对于超过30%公司股份的交易，双方需公开买卖信息。
（四）信息披露
三板的挂牌公司是经过公开发行的公众公司，信息披露的标准根据相关法律法规的规定、参照上市公司执行。而新三板挂牌公司的信息披露标准则要低于上市公司的标准，这主要体现在：（1）财务信息方面，只须披露资产负债表、利润表及其主要项目附注，鼓励其披露更为充分的财务信息；（2）年度财务报告只须经会计师事务所审计，鼓励其聘任具有证券资格会计师事务所审计；（3）只须披露最近两年的财务报告；（4）只须披露首次挂牌的报价转让报告、后续的年度报告和半年度报告，鼓励其披露季度报告；（5）只须在发生对股份转让价格有重大影响的事项时披露临时报告，而无须比照上市公司，在发生达到一定数量标准的交易就须披露临时报告。
基因测序概念一共有38家上市公司，其中7家基因测序概念上市公司在上证交易所交易，另外31家基因测序概念上市公司在深交所交易。
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